Lektion 5.4

Gentechnik und molekulargenetische Verfahren

18 min Lesezeit

Am Tatort findet die Polizei einen Fleck mit winzigen Spuren von DNA, und daraus entsteht ein Beweis. Humaninsulin wurde früher aus Bauchspeicheldrüsen von Schweinen gewonnen, heute bilden es Bakterien. Eine Forscherin schaltet in einer Maus ein einzelnes Gen gezielt aus.

Wie macht man aus winzigen DNA-Mengen messbare? Wie liest, schneidet und überträgt man DNA? Und welche Fragen wirft das auf?

Definition

Polymerase-Kettenreaktion (PCR)

Die PCR vervielfältigt einen bestimmten DNA-Abschnitt im Reaktionsgefäß. Nötig sind die Ausgangs-DNA, zwei Primer (kurze DNA-Stücke, die den Abschnitt an beiden Enden eingrenzen), freie Nukleotide und eine hitzestabile Taq-Polymerase aus einem Hitzebakterium. Ein Zyklus hat drei Schritte: Denaturierung bei etwa 95 °C (die Stränge trennen sich), Primer-Anlagerung bei etwa 50 bis 65 °C und Elongation bei etwa 72 °C (die Polymerase verlängert die Primer). Idealisiert verdoppelt jeder Zyklus die Zahl der Kopien, nach nn Zyklen sind es 2n2^n Kopien je Ausgangsmolekül. Anwendungen sind der Nachweis von Erregern, der genetische Fingerabdruck und das Klonieren von Genen.

Beispiel

Wie viele Kopien entstehen?

Eine Probe enthält 5 Moleküle der Zielsequenz. Wie viele Kopien sind es nach 10 Zyklen, und wie viele aus einem einzigen Molekül nach 30 Zyklen (idealisiert)?

210=10242^{10} = 1024, also 5⋅1024=51205 \cdot 1024 = 5120 Kopien. Nach 30 Zyklen sind es 230=1 073 741 8242^{30} = 1\,073\,741\,824, etwa 1,1⋅1091{,}1 \cdot 10^9 Kopien aus einem Molekül. In der Praxis wird der Zuwachs zum Ende hin schwächer, weil Primer und Nukleotide verbraucht sind.

Definition

Gelelektrophorese

Die Gelelektrophorese trennt DNA-Fragmente nach ihrer Länge. DNA ist wegen ihrer Phosphatgruppen negativ geladen und wandert im elektrischen Feld durch ein Agarosegel zum Pluspol. Kurze Fragmente kommen im Gel schneller voran als lange und wandern weiter. Man füllt die Proben in Geltaschen, legt Spannung an und färbt die DNA mit einem Farbstoff, der unter UV-Licht leuchtet. Jede Fragmentlänge bildet eine Bande. Ein Größenstandard mit Fragmenten bekannter Länge erlaubt, Längen abzulesen. Man prüft damit PCR-Produkte und vergleicht beim genetischen Fingerabdruck Muster von Wiederholungssequenzen, deren Zahl sich zwischen Menschen unterscheidet.

Definition

DNA-Sequenzierung

Bei der Sanger-Sequenzierung (Kettenabbruch) läuft eine Replikation mit Primer, Polymerase und normalen Nukleotiden. Zusätzlich enthält der Ansatz Didesoxynukleotide, jedes der vier Basen mit einem eigenen Fluoreszenzfarbstoff. Ihnen fehlt am 3'-Ende die OH-Gruppe: Wird eines eingebaut, bricht die Kette ab. So entstehen Fragmente aller Längen, jedes endet mit einem farbigen Nukleotid. Man trennt sie nach Länge und liest die Farben vom kürzesten zum längsten Fragment, das ist die Basenfolge des neuen Strangs. Beim Next-Generation-Sequencing werden Millionen kurzer Fragmente gleichzeitig gelesen und per Computer zusammengesetzt. So ließ sich das Genom des Menschen mit etwa 3 Milliarden Basenpaaren schnell und günstig lesen.

Definition

Restriktionsenzyme, Ligasen, Plasmide, Vektoren und Transformation

Restriktionsenzyme stammen aus Bakterien, die damit Viren abwehren. Sie schneiden DNA an kurzen, meist palindromischen Erkennungssequenzen, die auf beiden Strängen von 5' nach 3' gleich lauten. EcoRI erkennt GAATTC (Gegenstrang 3'-CTTAAG-5') und schneidet zwischen G und A. Es entstehen überstehende Enden, die sich mit komplementären Enden anderer, mit demselben Enzym geschnittener DNA paaren. Die Ligase verknüpft das Zucker-Phosphat-Rückgrat dauerhaft.

Ein Plasmid ist ein kleiner ringförmiger DNA-Zusatz von Bakterien mit Replikationsursprung und einem Resistenzgen (etwa gegen Ampicillin) als Marker. Als Vektor dient es, um fremde DNA in eine Zelle zu bringen (weitere Vektoren sind Viren und das Ti-Plasmid von Agrobacterium für Pflanzen). Bei der Transformation nehmen Bakterien das Plasmid auf, zum Beispiel nach einem Hitzeschock. Auf Nährboden mit Antibiotikum wachsen nur Bakterien mit Plasmid. Beim Humaninsulin schneidet man Insulin-Gen und Plasmid mit demselben Enzym, verbindet sie mit Ligase, transformiert Bakterien, selektiert und vermehrt sie im Fermenter (einem Bioreaktor).

Beispiel

Restriktion und Gel

Eine lineare DNA von 6000 Basenpaaren hat EcoRI-Schnittstellen bei 1500 und bei 4000 Basenpaaren. Welche Fragmente entstehen, und wie sieht ihr Gel aus?

Zwei Schnitte teilen die DNA in drei Fragmente: 1500 Basenpaare (0 bis 1500), 4000 − 1500 = 2500 Basenpaare und 6000 − 4000 = 2000 Basenpaare. Im Gel liegt die längste Bande (2500) der Geltasche am nächsten, dann folgt 2000, am weitesten gewandert ist 1500. Wäre die DNA ein ringförmiges Plasmid, ergäben zwei Schnitte nur zwei Fragmente.

Definition

Gentechnisch veränderte und transgene Organismen

Ein gentechnisch veränderter Organismus (GVO) hat Erbgut, das mit gentechnischen Verfahren verändert wurde. Transgen ist ein GVO mit einem Gen aus einer anderen Art. Beispiele sind Bakterien mit dem Gen für Humaninsulin, Bt-Mais mit einem Gen des Bodenbakteriums Bacillus thuringiensis für ein Protein, das Raupen des Maiszünslers tötet, herbizidresistente Sojabohnen, Goldener Reis mit Genen für die Bildung von Provitamin A und Knockout-Mäuse, in denen ein Gen ausgeschaltet ist. Pflanzen transformiert man mit Agrobacterium oder einer Genkanone.

Definition

Genome Editing mit CRISPR/Cas9

CRISPR/Cas9 stammt aus einem bakteriellen Abwehrsystem gegen Viren. Das Enzym Cas9 (eine Nuklease, die DNA schneidet) wird durch eine Leit-RNA von etwa 20 Nukleotiden zur komplementären Zielsequenz gelenkt (daneben muss eine kurze Erkennungssequenz, die PAM, liegen). Cas9 setzt dort einen Doppelstrangbruch, den die Zelle repariert. Beim einfachen Zusammenfügen der Enden gehen oder kommen oft Basen hinzu, das Gen fällt meist aus (Knockout). Bietet man eine Vorlage-DNA an, baut die Zelle sie beim Reparieren ein: Das Gen wird korrigiert oder ergänzt. Charpentier und Doudna erhielten dafür 2020 den Nobelpreis für Chemie. Cas9 schneidet gelegentlich auch an ähnlichen, falschen Stellen (Off-Target-Effekte).

Definition

Gentherapeutische Verfahren

Gentherapeutische Verfahren bringen in Körperzellen eines Patienten ein gesundes Gen oder korrigieren das defekte. Ex vivo entnimmt man Zellen (etwa Blutstammzellen), verändert sie im Labor und gibt sie zurück. In vivo bringt man den Vektor direkt in den Körper, zum Beispiel ins Auge. Vektoren sind veränderte Viren ohne Krankheitswirkung. Retro- und Lentiviren bauen ihr Erbgut dauerhaft ins Genom ein, mit dem Risiko, ein Gen zu zerstören oder ein Onkogen zu aktivieren: In einer frühen Studie zu einem Immundefekt erkrankten Kinder an Leukämie. AAV-Viren bleiben meist außerhalb des Genoms, sind dadurch sicherer, werden aber bei Zellteilungen verdünnt. Strategien sind Gen ergänzen, Gen korrigieren (CRISPR) und Gen mit RNA-Interferenz ausschalten.

Definition

Chancen, Risiken, ethische und rechtliche Fragen

ChancenRisiken
Medikamente wie Insulin, neue Therapien für Erbleiden, Pflanzen mit höherem Ertrag oder Trockenresistenz, weniger PestizideAuskreuzung auf Wildpflanzen, Resistenzen bei Schädlingen und Unkräutern, Off-Target-Effekte, unbekannte Langzeitfolgen, Abhängigkeit von Saatgutkonzernen

Ethische Fragen: Wo liegt die Grenze zwischen Therapie und Verbesserung des Menschen? Dürfen Eingriffe in die Keimbahn Nachkommen betreffen, die nicht zustimmen können? Wer erhält teure Therapien? Rechtlich regelt in Deutschland das Gentechnikgesetz den Umgang mit GVO und ihre Freisetzung, das Embryonenschutzgesetz verbietet Eingriffe in die Keimbahn des Menschen. In der EU brauchen GVO eine Zulassung und Lebensmittel mit GVO eine Kennzeichnung. Die Regeln für genom-editierte Pflanzen ändern sich gerade, prüfe den aktuellen Stand. Bei einer Bewertung trennst du Sachfragen (Was ist belegt?) von Wertfragen (Was wollen wir?) und wägst Argumente ab.

Häufige Fehler

Gene aus der Nahrung gelangen ins Erbgut

„Wer Mais mit einem fremden Gen isst, bekommt dieses Gen in sein Erbgut.“

Richtig ist

Nahrungs-DNA wird im Verdauungstrakt wie jede DNA in Nukleotide zerlegt und nicht in Körperzellen eingebaut. Ob GVO-Lebensmittel für Gesundheit und Umwelt sicher sind, entscheiden Prüfung und Zulassung, etwa im Hinblick auf Allergien.

Häufige Fehler

CRISPR repariert genau und von selbst

„Cas9 schneidet exakt die gewünschte Stelle und heilt den Defekt.“

Richtig ist

Cas9 schneidet nur. Die Reparatur übernimmt die Zelle. Ohne Vorlage-DNA entsteht meist ein Genausfall, mit Vorlage kann das Gen korrigiert werden. Zusätzlich sind Schnitte an falschen Stellen möglich.

Zusammenfassung

  • Die PCR vervielfältigt einen DNA-Abschnitt in Zyklen aus Denaturierung, Primer-Anlagerung und Elongation, nach nn Zyklen idealisiert 2n2^n Kopien.

  • Die Gelelektrophorese trennt negativ geladene DNA-Fragmente nach Länge, kurze wandern weiter. Die Sanger-Sequenzierung liest die Basenfolge über Kettenabbruch mit Didesoxynukleotiden.

  • Restriktionsenzyme schneiden an Erkennungssequenzen, Ligasen verbinden die Enden. Plasmide dienen als Vektoren, Antibiotika selektieren transformierte Bakterien.

  • Transgene Organismen tragen ein Gen einer anderen Art, zum Beispiel Bakterien für Humaninsulin oder Bt-Mais.

  • CRISPR/Cas9 schneidet DNA an einer durch Leit-RNA bestimmten Stelle. Die Zelle repariert, mit Vorlage kann ein Gen korrigiert werden.

  • Gentechnik bietet Chancen und birgt Risiken. Ethische und rechtliche Fragen betreffen vor allem Keimbahneingriffe, Zulassung und Kennzeichnung.

Übungen

Aufgabe 1Numerisch

Eine Probe enthält 3 Moleküle der Zielsequenz. Wie viele Kopien liegen idealisiert nach 8 PCR-Zyklen vor?

Aufgabe 2Numerisch

Ein ringförmiges Plasmid wird von einem Restriktionsenzym an 3 Stellen geschnitten. Wie viele Fragmente entstehen?

Aufgabe 3Multiple Choice

Wie verhalten sich DNA-Fragmente bei der Gelelektrophorese?

Aufgabe 4Multiple Choice

Bakterien wurden mit einem Plasmid mit Ampicillin-Resistenzgen transformiert und auf Nährboden mit Ampicillin ausgebracht. Was wächst?

Aufgabe 5Freitext

Erkläre, wie man mit CRISPR/Cas9 ein Gen ausschalten (Knockout) kann.